Le Conseil général de l’alimentation, de l’agriculture et des espaces ruraux (CGAAER) est présidé par le ministre en charge de l’agriculture. Le CGAAER assure des missions de conseil, d’expertise, d’évaluation, d’audit et d’inspection, par exemple sur des questions stratégiques comme l’agro-écologie et la lutte contre le changement climatique, la gestion de crises de marché ou de crises sanitaires, l’appui à l’international. Il peut aussi participer à la conception de lois.
Une mission interministérielle a été chargée d’auditer la politique de prévention des risques en région Nouvelle-Aquitaine, en particulier les sujets jugés les plus critiques.
Une mission interministérielle a été chargée d'étudier les méthodes de gestion du loup et les mesures de protection de l'élevage dans différents pays européens.
Dix ans après un premier rapport consacré à la licence professionnelle, il a été demandé au CGAAER de dresser un état des lieux de l'implication des établissements d'enseignement technique agricole dans les licences professionnelles et d'en identifier et documenter les enjeux stratégiques pour le MAA et ses établissements
Le CGAAER et le CGEDD ont été chargés d'étudier la question de l'engrillagement de la Sologne et de poser les bases d’une conciliation entre les différents usagers concernés.
L’élevage des ruminants à l’herbe dans le Massif central produit du bétail, de la viande et du lait que les éleveurs s’efforcent de valoriser au mieux. En complément, la rémunération des services environnementaux et culturels rendus par cet élevage, appréciée à sa juste valeur, pourrait légitimement et efficacement remplacer les aides actuelles de la PAC.
Dans un contexte de conflictualité accrue entre éleveurs et protecteurs du loup une mission commune CGAAER/CGEDD a effectué une comparaison européenne des méthodes de suivi et de gestion du loup, ainsi que des mesures de protection de l'élevage. Des pistes d'amélioration du plan loup 2018-2023 sont proposées.
La mission a pour objet de contrôler la conformité et l’effectivité de la mise en œuvre par la chambre régionale d’agriculture des actions subventionnées par le compte d’affectation spéciale de développement agricole et rural (CASDAR), au cours de l’année 2017 dans le cadre du PRDAR.
La subvention d'un montant de 2 844 823 (soit 52,8% du PRDAR 2017) a contribué à faire avancer des projets importants pour la région Bretagne, dans les domaines de l’agro-écologie, de l’agriculture biologique et de la valorisation des produits et services issus des exploitations agricoles bretonnes en adéquation avec les marchés. L’analyse des réalisations a montré qu’elles ont été globalement conformes en termes de moyens budgétaires et d’ETP.
Le CGAAER a été chargé de conduire un audit de conformité de l'utilisation des fonds du compte d'affectation spéciale "développement agricole et rural" (CASDAR) pour le financement du programme régional de développement agricole et rural (PRDAR) de PACA mis en œuvre en 2016 par la chambre régionale d’agriculture.