Le CGAAER a été chargé d'une mission sur l’organisation d'un service d’autopsie des animaux en France à partir du 1er septembre 2020, date de la vente du site de Champignelles dans l'Yonne par l’École nationale vétérinaire d’Alfort.
Le CGAAER a été chargé de dresser le bilan organisationnel et social de la réorganisation des DRAAF consécutives à l'instauration de treize grandes régions françaises en 2016.
Le CGAAER a été chargé de définir une stratégie dédiée à la surveillance sanitaire de la faune – voire de la flore – sauvage, dans le contexte où le développement d'épidémies implique encore davantage la faune sauvage.
Une mission interministérielle a été chargée d’examiner les programmes de lutte contre la pollution des eaux par les nitrates d’origine agricole en vue d’en améliorer la mise en œuvre.
Une mission interministérielle a été chargée d’auditer la politique de prévention des risques en région Grand Est, en particulier les sujets jugés les plus critiques.