Le Conseil général de l’alimentation, de l’agriculture et des espaces ruraux (CGAAER) est présidé par le ministre en charge de l’agriculture. Le CGAAER assure des missions de conseil, d’expertise, d’évaluation, d’audit et d’inspection, par exemple sur des questions stratégiques comme l’agro-écologie et la lutte contre le changement climatique, la gestion de crises de marché ou de crises sanitaires, l’appui à l’international. Il peut aussi participer à la conception de lois.
Une mission interministérielle a été chargée d'établir un état des lieux des systèmes d’évaluation des risques en santé-environnement et de proposer des évolutions visant à renforcer la confiance des populations dans l’expertise et la décision publiques.
Plusieurs membres du CGAAER ont assuré en 2021 la présidence de 29 jurys de concours de recrutement de personnels enseignants et d'éducation de l'enseignement technique agricole.
Le CGAAER a été chargé d’évaluer le contrat d’objectifs et de performance 2017-2021 du Centre national de la propriété forestière (CNPF) et de proposer des scénarios et recommandations d’évolution pour la période 2022-2026.
Le CGAAER a été chargé d’établir un état des lieux des nouvelles formes de travail en agriculture, en particulier les questions relatives aux modalités de travail.
Le CGAAER a été chargé d’étudier les charges de mécanisation des exploitations agricoles en vue d’améliorer leur compétitivité et faciliter la transition écologique.
Le CGAAER a été chargé de réaliser l’audit de la tranche 2018 du programme de développement agricole et rural piloté par l’APCA et financé par le CASDAR.
Le CGAAER a été chargé d’analyser les impacts potentiels du numérique sur quatre métiers représentatifs du ministère de l’agriculture et de l’alimentation et, plus largement, les conditions de sa transformation numérique.
Le CGAAER et le CGEDD ont été chargés de conduire une mission d’écoute des acteurs impliqués dans le devenir de la tourbière de Baupte, dans le département de la Manche, en vue de dégager un scénario partagé.