Le Conseil général de l’alimentation, de l’agriculture et des espaces ruraux (CGAAER) est présidé par le ministre en charge de l’agriculture. Le CGAAER assure des missions de conseil, d’expertise, d’évaluation, d’audit et d’inspection, par exemple sur des questions stratégiques comme l’agro-écologie et la lutte contre le changement climatique, la gestion de crises de marché ou de crises sanitaires, l’appui à l’international. Il peut aussi participer à la conception de lois.
Le CGAAER a été chargé d’évaluer le déploiement des démarches (RSE) en lien avec la responsabilité sociétale des entreprises dans les industries agroalimentaires et d’analyser les conséquences sur la transition agro-écologique.
Le CGAAER a été chargé d’étudier les stratégies vaccinales envisageables en France pour lutter contre l’influenza aviaire hautement pathogène à l’origine de graves crises sanitaires.
Une mission interministérielle a été chargée été d’étudier la faisabilité d’un projet d’extension d’un gros élevage laitier situé à proximité de Paris.
Le CGAAER a été chargé de réaliser une étude de parangonnage sur la lutte contre les pertes agricoles et la gaspillage alimentaire à l’échelle internationale.
Le CGAAER a été chargé d’évaluer les politiques de soutien à l’agriculture des territoires d’Outre-mer et de rechercher des pistes permettant d’atteindre une autonomie alimentaire.
Le CGAAER a été chargé d’analyser les répercussions politiques, économiques, commerciales et sociales au niveau mondial de l'épizootie de peste porcine africaine en Chine depuis 2018.