La profession est structurée autour de différents syndicats ou instances nationales représentatives chacune de tout ou d'une partie des quatre filières de production : salmoniculture d’eau douce (truite), élevage de poissons marins en métropole et dans les outre-mer, élevage d’esturgeon (caviar) et élevage extensif en étangs de poissons d’eau douce.