Audit interne financier de l'Institut des sciences et industries du vivant et de l'environnement (AgroParisTech)

Rapport de mission d’audit n°25051

Janvier 2026

Enjeux

Depuis 2022, AgroParisTech regroupe ses activités franciliennes sur un site unique à Saclay, partagé avec l’INRAe. Cette opération immobilière, la plus importante de l’enseignement supérieur agricole, a induit une transformation profonde du modèle économique et organisationnel de l’établissement.
L’audit interne demandé par la ministre répond donc à un double objectif :

• fournir une analyse indépendante et documentée de la situation financière et des dispositifs de contrôle interne d’AgroParisTech, afin d’éclairer le dialogue de gestion et les décisions budgétaires à venir ;
• accompagner l’établissement dans la consolidation de ses procédures, dans la perspective de la stabilisation de son modèle économique et du renforcement de la maîtrise de ses risques budgétaires, financiers et patrimoniaux.

Méthodologie

Un questionnaire de prise de connaissance a été adressé fin août 2025 par les auditeurs à la direction d’AgroParisTech.

Sur la base des réponses apportées par l’établissement et des premiers documents justificatifs transmis, une matrice provisoire des risques a été élaborée.

La direction d’AgroParisTech a ensuite validé cette matrice, sur la base de laquelle les auditeurs ont adressé des questions relatives au contrôle interne, conduisant à des entretiens complémentaires et à des demandes de preuves d’audit. Le rapport provisoire a été transmis à l’établissement le 10 novembre 2025. Les observations contradictoires de l’établissement et de la direction générale de l’enseignement et de la recherche du ministère chargé de l’agriculture, ainsi que le plan d’action de l’établissement audité établi sur la base des recommandations de l’audit, ont été reçus en décembre 2025 et intégrés dans la version définitive du rapport.

Résumé

L’audit vise à évaluer la soutenabilité budgétaire et financière d’AgroParisTech, la fiabilité de son dispositif de contrôle interne et l’organisation de son pilotage administratif et patrimonial, dans un contexte de stabilisation post-regroupement sur le site de Saclay.

Les travaux, conduits entre juin et novembre 2025, ont reposé sur l’analyse complète de 28 risques, basée sur des entretiens avec les directions et les campus, et l’examen approfondi des documents budgétaires et comptables.

L’établissement est désormais entré dans une phase de fonctionnement stabilisée : le regroupement sur le site de Saclay est effectif, les redressements fiscaux soldés et le climat social apaisé. La direction a engagé d’importants efforts de structuration et de professionnalisation qui traduisent une modernisation réelle et une volonté d’amélioration continue.

Plusieurs points de vigilance demeurent toutefois :

• une trajectoire pluriannuelle fragile, avec un fonds de roulement en baisse et un déficit structurel lié aux anciens sites ;
• une comptabilité analytique encore incomplète ;
• des enjeux immobiliers majeurs ;
• une réflexion sur les cursus et l’occupation des logements étudiants ;
• le pilotage des plafonds d’emplois et de la masse salariale.

Les auditeurs estiment que les mesures de gestion et de contrôle en place offrent une assurance raisonnable sur la maîtrise des risques majeurs. Une réserve est formulée sur la soutenabilité financière à moyen terme, fragilisée par le poids des sites laissés vacants de Massy et Grignon.

Les recommandations portent sur :

• la consolidation de la trajectoire pluriannuelle et du pilotage global des coûts ;
• le renforcement du contrôle interne par un appui externe et la création d’un comité dédié ;
• l’achèvement du dispositif de comptabilité analytique ;
• la programmation patrimoniale, portant notamment sur le campus de Nancy et la Maison des industries agricoles et alimentaires, située sur le campus de la Cité internationale à Paris ;
• la poursuite de la trajectoire de certification des comptes par l’inscription à l’actif du site de Saclay ;
• le pilotage global et pluriannuel des emplois et de la masse salariale et la clarification des rôles respectifs de l’établissement, de la tutelle et du contrôle budgétaire régional dans la trajectoire financière.

Quatre risques élevés ou persistants appellent un suivi renforcé et la mise en œuvre de mesures correctrices ciblées.

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