Xylella : la surveillance du territoire français
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L'organisation nationale de la protection des végétaux rassemble différents acteurs. La surveillance officielle est réalisée par :

  • les Services régionaux de l'alimentation (SRAL) des Directions Régionales de l’Agriculture de l’Alimentation et de la Forêt (DRAAF)
  • ou par leurs délégataires, à savoir les Fédérations régionales de défense contre les organismes nuisibles (FREDON), sur instruction au niveau central de la Direction générale de l'alimentation (DGAL) du ministère chargé de l’agriculture, autorité compétente au niveau national.

L'autorité compétente au niveau régional en France métropolitaine est la DRAAF qui agit sous l'autorité du préfet de la région. L'autorité compétente au niveau des régions et départements d'outre-mer est le DAAF (direction de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt).

En Corse, l’organisation comporte une spécificité : l'échelon départemental des services de l’État (Direction départementale de la cohésion sociale et de la protection des populations – DDCSPP) planifie et organise les contrôles dans les deux départements. Le SRAL est chargé de la coordination régionale de ces contrôles.

En 2016, 205 agents de l’État ont participé à temps plein ou partiel aux activités en rapport avec X. fastidiosa.

Organisation des laboratoires français

Les analyses officielles sont confiées à des laboratoires agréés (LDA) par le ministère chargé de l'agriculture pour les analyses de première intention (détection de la bactérie sur matrice végétale). Le laboratoire national de référence (LNR) est le Laboratoire de la Santé des Végétaux (LSV) de l'Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (Anses). Il supervise ce réseau de laboratoires et réalise les analyses de confirmation et d’identification des sous-espèces.

De par son mandat de LNR attribué par le Ministère chargé de l’agriculture, le LSV a pour mission la caractérisation, l’évaluation et la validation de méthodes de détection et d’identification afin de proposer des protocoles d’analyses fiables et validés pour l’usage attendu, en particulier pour la mise en place des plans de surveillance et de contrôles officiels.

Les analyses officielles sont mises en œuvre conformément à la norme européenne PM7/24 relative aux méthodes de diagnostic de Xylella fastidiosa.

Le Plan de surveillance Xylella fastidiosa

La surveillance du territoire vis-à-vis de X. fastidiosa est structurée par l’instruction technique DGAL/SDQPV/2016-413 du 18 mai 2016 relative au plan de surveillance de Xylella fastidiosa pour la campagne 2016-2017.

Son objectif est de vérifier le caractère indemne du territoire, particulièrement vis-à-vis des isolats européens et de détecter, le cas échéant, la présence de l’organisme nuisible le plus précocement possible. La surveillance du territoire permet également d’assurer la qualité des produits végétaux exportés. Cette surveillance repose sur trois approches complémentaires décrites ci-après : surveillance événementielle, surveillance programmée officielle et surveillance programmée non officielle.

Surveillance programmée officielle

La surveillance programmée officielle prend la forme d'inspections ciblées chez les revendeurs et producteurs, et au champ dans les filières jugées à risque (arboriculture, vigne, ornementale et plantes à parfum aromatiques, médicinales et condimentaires (PPAMC)). Cette surveillance s’articule selon 4 schémas d’inspection :

  • Inspections phytosanitaires ciblées dans le cadre d'une Surveillance Officielle des Organismes Réglementés ou Émergents (SORE), spécifique à X. fastidiosa

Un programme du nombre d’inspections annuelles (nombre de parcelles ou sites à visiter) a été établi pour chacune des filières considérées et suivant une analyse de risque. Les régions du pourtour méditerranéen, de la côte atlantique ainsi que les marchés d’intérêt nationaux sont particulièrement surveillés.

  • Inspections dans le cadre d’une Surveillance Officielle des organismes Réglementés ou Émergents (SORE) non spécifiques à X. fastidiosa (i.e. déjà conduites à l'égard d'autres organismes nuisibles réglementés).

La surveillance de X. fastidiosa est également couplée à la surveillance d’autres organismes nuisibles ou maladies tels que le capricorne asiatique, la flavescence dorée, la nécrose bactérienne, la sharka, , le chancre coloré, etc.

  • Inspections dans le cadre de la délivrance du Passeport Phytosanitaire Européen (PPE)

Conformément à la décision d’exécution 2015/789/UE modifiée, les passeports phytosanitaires européens ont été mis en place sur l'ensemble des espèces hôtes. Les modalités ont été précisées par l’instruction technique DGAL/SDQPV/2016-321.

A cet effet, tous les établissements qui produisent et commercialisent des végétaux devant être accompagnés d’un PPE font l’objet de contrôles phytosanitaires visant à détecter la présence de X. fastidiosa. Ces contrôles se traduisent par des inspections documentaires et phytosanitaires (inspections visuelles et, si constatations de symptômes douteux, prélèvements). Les pépinières qui cultivent des plantes mères de végétaux hôtes, les pépinières viticoles ainsi que les pépinières qui importent des végétaux originaires de pays tiers où la maladie est présente ou suspectée font l’objet d’une vigilance renforcée (prélèvements asymptomatiques).

  • Inspection dans les Points d'Entrée Communautaire (PEC)

En conformité avec la décision d’exécution 2015/789 relative aux mesures de lutte contre X. fastidiosa, des contrôles1 sont conduits dans les points d’entrée communautaire : des prélèvements sont réalisés sur tous les envois de plantes sensibles à X. fastidiosa originaires des pays tiers où la bactériose est connue ; ces envois sont consignés dans l’attente des résultats d’analyse. En cas de résultats positifs, les lots sont détruits. Dans certains cas de figure, ces derniers peuvent être conservés en quarantaine à des fins de recherches.

Surveillance programmée non officielle

La surveillance de X. fastidiosa est intégrée aux observations réalisées dans le cadre de réseaux d'épidémiosurveillance existants et visant des organismes nuisibles réglementés ou non : réseau du département de la Santé des Forêts de la DGAL (DSF) et Surveillance Biologique du Territoire (SBT) portée par le plan Ecophyto.

Le réseau d’observateurs du DSF surveille les forêts, diagnostique les problèmes sylvosanitaires, aide et conseille les gestionnaires et les propriétaires. Au moyen de 230 correspondants observateurs et 10 000 observations par an, le réseau suit l’évolution et l’impact des ravageurs des forêts et identifie les éventuels problèmes émergents.

La SBT repose sur un réseau d'épidémiosurveillance, mis en place depuis 2009 dans le cadre du plan national de réduction des risques liés à l’usage des produits phytopharmaceutiques, en application de la directive 2009/128/CE. Environ 15000 parcelles sont suivies par un réseau de 4000 observateurs qui couvrent l’ensemble du territoire français en zones agricoles et non agricoles.

Les protocoles d’observation sont harmonisés au niveau national. Les données d’observation sont agrégées dans une base de données nationale (Epiphyt) et permettent la rédaction de bulletins hebdomadaires (Bulletin de santé du végétal – BSV). En cas de suspicion, les services habilités à réaliser des inspections officielles sont alertés.

Surveillance événementielle

Cette surveillance repose sur les signalements spontanés de suspicion de contamination des plantes par X. fastidiosa par des particuliers, professionnels ou observateurs, en dehors de leurs activités programmées. Ces signalements peuvent conduire à des prélèvements.

La vigilance est renforcée chez les acteurs tandis qu’une campagne de sensibilisation et de communication continue d’être conduite sur tout le territoire. Des informations à destination des professionnels et du public sont régulièrement diffusées.

Bilan de la surveillance en 2016

En 2016, près de 10782 inspections ont été conduites sur l’ensemble du territoire métropolitain. Une pression de surveillance plus grande est dirigée sur les régions contaminées du fait de la mise en œuvre de la surveillance des zones délimitées (zones infectées et zones tampons).

Bilan des inspections réalisées en France métropolitaine en 2016 dans le cadre du plan de surveillance (zones indemnes) et de la surveillance des zones délimitées (zones infectées et zones tampons) des régions contaminées :

Analyse des données avec la plate-forme d’épidémiosurveillance

La plate-forme d’épidémiosurveillance en santé du végétal a pour objectif d’apporter un appui méthodologique aux gestionnaires de dispositifs de surveillance. Dans ce cadre, la thématique X. fastidiosa est inscrite parmi les chantiers prioritaires.

Le groupe de travail technique mis en place associe l’ensemble des acteurs impliqués dans la surveillance de X. fastidiosa (professionnels, scientifiques et administration), pour apporter un appui au gestionnaire de risque (Ministère de l'agriculture/DGAL) afin d’améliorer la surveillance. Ce groupe est chargé plus précisément d’évaluer le fonctionnement de la surveillance et la situation sanitaire vis à vis de X. fastidiosa, d’apporter un retour d’information aux acteurs locaux et d’identifier les perspectives d’amélioration de la surveillance, en particulier par la recherche de synergies entre les dispositifs de surveillance déjà en place.

Un système d’information a été mis en place par l’Unité de coordination et d’appui à la surveillance (UCAS) de l’Anses pour centraliser l’ensemble des données de surveillance pour lesquelles des analyses ont été réalisées vis-à-vis de X. fastidiosa. Un identifiant unique associé à chaque prélèvement a permis la compilation des données botaniques, de localisation, les dates des prélèvements et les résultats d’analyses. Ces données sont transmises à fréquence bi-hebdomadaire par les laboratoires agréés et le LNR et, pour les régions Corse et PACA, par les DRAAF/SRAl. La qualité des données est vérifiée automatiquement au niveau de leur format, de leur cohérence et de leur complétude.

Une application interactive accessible sur le web a été développée par l’Anses avec l’outil Shiny (RStudio). Elle permet de mettre à disposition des autorités compétentes de la gestion de risque et de la surveillance (DGAl, DRAAF/SRAl), l’ensemble des données de la surveillance compilées. Ces données regroupent notamment le bilan des prélèvements et des analyses réalisées, la liste des communes en zone délimitées, une cartographie des zones infectées et leurs principales caractéristiques, les cartes d’occurrences de la bactérie, ainsi qu’un module d’évaluation de la qualité des données. L’analyse de ces données en continu permet de suivre l’évolution de la pression de surveillance et d’alimenter l’analyse de risque pour cibler au mieux les actions de surveillance.

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