S’agissant de la pêche, le premier Conseil agriculture et pêche de la présidence française, en juillet, avait dû faire face à la grave crise liée au prix du gazole. La proposition de la Commission visant à encourager la restructuration des flottes de pêche de l’Union européenne a été adoptée par les 27 le 15 juillet, peu après le feu vert du Parlement européen.
Ce premier Conseil avait aussi été l’occasion pour les États membres de s’accorder sur les modalités de captures du Cabillaud et sur la pêche des thons rouges de moins de 30kg dans l’Atlantique, deux questions sensibles. Par la suite, et grâce au processus dit "d’anticipation", les totaux admissibles de captures (TAC) concernant la mer Baltique, les espèces d’eaux profondes et la mer Noire ont fait l’objet d’accords politiques en octobre avant d’être adoptés en novembre et début décembre. La fixation du restant des TAC et quotas est intervenue lors du conseil de décembre, à l’issue d’une négociation plus courte qu’à l’accoutumée.
Parallèlement aux sujets d’actualité traités en Conseil, Michel Barnier a invité ses homologues le 29 septembre 2008 à Bruxelles, pour une réunion informelle des ministres de la pêche. Deux sujets essentiels ont été abordés : la conservation des ressources halieutiques d’une part, et la gestion de la flotte de pêche d’autre part. Il s’agissait, dans l’optique du prochain « bilan de santé » de la PCP (politique commune de la pêche), d’évaluer le dispositif actuel et de préparer sa révision à l’horizon 2012.
