En 1999, grâce à une nouvelle loi de protection animale, le code civil français a été modifié, afin que les animaux, tout en demeurant des biens, ne soient plus assimilés à des choses.

En France, le ministère de l'agriculture, de l'alimentation, de la pêche et des affaires rurales élabore la réglementation en concertation avec les associations de protection des animaux, les professionnels et les scientifiques, et l'adapte constamment en fonction de l'évolution des connaissances scientifiques et de l'expérience acquise sur le bien-être animal. Il finance également des programmes de recherche sur le bien-être des animaux menés par les instituts techniques ou scientifiques (Agence française de la sécurité sanitaire des aliments - AFSSA, Institut national de la recherche agronomique - INRA, écoles vétérinaires notamment).

Dans chaque département, les directions départementales des services vétérinaires sont chargées d'appliquer ces textes. Pour cela, elles exercent des actions d'inspection régulières selon un programme défini au plan national ou départemental et des enquêtes ciblées. La brigade nationale d'enquête vétérinaire et phytosanitaire apporte son concours aux services vétérinaires si des investigations dépassent le cadre territorial d'un seul département.

Les associations de protection animale, dont certaines sont reconnues d'utilité publique, peuvent signaler les mauvais traitements qu'elles constatent envers les animaux, ce qui déclenche une enquête des services vétérinaires.

Le Conseil de l'Europe s'est intéressé très tôt, entre les années 1960 et 1970, à la protection des animaux dans le cadre de ses préoccupations liées aux droits de l'homme et à l'environnement. A ce titre, plusieurs conventions ont été élaborées qui s'appliquent de façon obligatoire lorsque les pays les ont ratifiées. Les sujets dont traitent ces conventions touchent aussi bien le transport des animaux, l'élevage, l'expérimentation animale ou les animaux de compagnie. Des recommandations spécifiques par espèce animale peuvent compléter ces conventions.

L'Union européenne est de plus en plus active dans le domaine de la protection animale. Le Traité d'Amsterdam (1997) considère l'animal comme un être sensible pour lequel la mise en uvre de la politique communautaire dans les domaines de l'agriculture, des transports, du marché intérieur et de la recherche doit prendre en compte ses exigences de bien-être. A ce jour, des directives traitent de la protection des animaux au cours de transport, en élevage, lors de leur abattage et lorsqu'ils sont utilisés à des fins scientifiques. La Commission européenne s'appuie sur des rapports émis par le comité scientifique vétérinaire, composé d'experts désignés par les Etats membres. Les directives européennes doivent être régulièrement réexaminées, pour tenir compte de l'évolution des connaissances scientifiques et de l'expérience acquise. Elles sont assorties d'obligations pour les Etats membres de fournir des rapports réguliers sur l'application des textes.