8 baies, 23 bassins versants, 3500 exploitations agricoles et 240 000 habitants sont concernés en Bretagne par la prolifération d'algues vertes.

Une mission interministérielle a donc été chargée d'effectuer un travail de réflexion et d'écoute de 4 mois. En janvier 2010 le rapport était rendu, et des 36 recommandations formulées a émergé un plan qui constitue pour Bruno Le Maire un changement de donne :

« Un virage a été pris, qui consiste à dire que l'objectif de l'agriculture en Bretagne n'est pas uniquement de produire le plus possible, mais également de produire en tenant compte de l'impact environnemental et en étant soucieux des bonnes pratiques agricoles. Il n'y a pas d'incompatibilité entre le développement agricole et l'environnement. On arrivera à les concilier si on fait les efforts nécessaires, si on investit, et si on innove. Ce virage a été pris en accord avec les professions agricoles. Elles ont fait un effort depuis des années, elles sont passées à 25 mg de nitrate par litre d'eau, ce qui représente 18% de réduction en l'espace de 10 ans. »

- Améliorer les connaissances et la gestion des risques :

Un groupement de recherche sera constitué et rassemblera notamment des membres de l'IFREMER, de l'INRA, du CEMAGREF, du CNRS ou encore du BRGM. Sa mission sera d'étudier les facteurs de croissance et de prolifération des algues vertes, les nouvelles technologies de récolte, les formes de valorisation de la biomasse algale et la relation entre bassins versants et écosystèmes côtiers.

Pour assurer la sécurité sanitaire des personnes et la salubrité du littoral, l'AFFSET (en lien avec l'INERIS) devra établir des recommandations nationales de prévention à destination du grand public, mais aussi formuler des recommandations spécifiques pour les travailleurs exposés lors de la collecte ou du traitement des algues vertes.

- Accompagner les collectivités dans la collecte et le traitement des algues vertes :

700 000 euros seront dégagés en 2010 par l'État pour le ramassage, selon les mêmes modalités qu'en 2009. Deux expérimentations de ramassage en mer bénéficieront également d'un soutien.

Des plateformes de compostage seront créées pour que la Bretagne soit en capacité en 2011 de traiter la totalité des algues vertes produites. 3 projets sont d'ores et déjà identifiés dans les Côtes d'Armor (Launay-Lantic, Lannion Trégor, Lamballe). Pour aider ces projets l'État mobilisera 8 millions d'euros, et prendra en charge, en attendant, 50% du coût du traitement transitoire des algues vertes en 2010.

Afin de traiter et valoriser les algues, le développement de la méthanisation apparaît comme un objectif primordial. Elle permet de produire de l'électricité et du biogaz, et d'obtenir des digestats remplaçant en partie les engrais minéraux. Un appel à projets sera donc lancé dans les bassins versants concernés.

Les premières unités devront être opérationnelles en 2012, et l'État les soutiendra par le rachat d'électricité et de biogaz.

- Mettre en œuvre des actions pour limiter le flux d'azote vers les côtes :

Le retour au bon état des eaux littorales est prévu pour 2027 du fait notamment du phénomène de permanence des nitrates dans les sols et dans les eaux comme l'expliquait Chantal Jouanno :

« L'objectif est de réduire de 30 à 40% les nitrates d'ici 2015. Ensuite, le temps de résorption des algues est au minimum de 10 à 15 ans. Dire que dans 5 ans il n'y aura plus d'algues vertes, c'est un mensonge. Ça n'est pas techniquement possible, même si l'on arrêtait aujourd'hui tout flux d'azote il faudrait de toute façon plusieurs années pour que ça se résorbe. »

De nombreuses mesures préventives, agricoles ou non, vont être instaurées. Elles permettront le renforcement du suivi de fonctionnement des stations d'épurations, ou encore la mise en place d'une déclaration annuelle des flux d'azote (quantités d'azote utilisées, échangées, épandues). Celle-ci sera d'ailleurs introduite dans la conditionnalité des aides de la PAC en 2011.

Pour donner à l'agriculture les moyens d'un développement durable, le plan doit permettre par ailleurs d'engager la reconquête des zones naturelles, comme les prairies extensives ou les zones humides.

Les mesures volontaires sont encouragées, et des plans d'actions territoriaux prévus pour tendre vers des systèmes de productions à très basses fuites d'azote.

Enfin, le respect des règlementations passera par des contrôles renforcés et plus efficaces. Les effectifs des équipes de contrôle augmenteront par exemple pour vérifier que toutes les exploitations des bassins versants concernés soient soumises à la réglementation des installations classées pour la protection de l'environnement.

Le comité de pilotage régional, présidé par le Préfet de Région s'assurera du suivi du plan, des appels à projets, et validera les projets territoriaux. Il sera appuyé par un comité scientifique et trouvera des relais dans chaque baie par l'intermédiaire de comités locaux, en charge notamment du suivi des plans territoriaux.