Au ministère de l'agriculture et de la pêche, un grand chantier de réorganisation des services est en marche pour moderniser l'administration et améliorer le service rendu aux Français. Sur le terrain, les structures sont notamment resserrées ou mutualisées avec d'autres ministères pour plus d'efficacité, la création de nouvelles directions régionales , le regroupement des établissements publics , la généralisation des DDEA , et les travaux en cours pour constituer une nouvelle direction départementale chargée de la sécurité alimentaire et de la protection des consommateurs constituent dans ce cadre des chantiers emblématiques de la modernisation du ministère.

Cette réforme s'inscrit dans la continuité des chantiers de simplification administrative engagés depuis plusieurs années, par le ministère . Dans le cadre de la réduction de l'impôt papier, le ministère contribue très activement, en prolongement de la démarche simplifions initiée antérieurement , au programme de réduction des charges administratives pesant sur les entreprises. Il mène à cet effet un chantier ambitieux de dématérialisation des procédures, dans la mise en œuvre de la Politique agricole commune (PAC). En 2007, 73 000 agriculteurs ont pu ainsi déclarer leurs données (troupeaux, surfaces) par internet. Au terme de la nouvelle campagne 2008 de ce dispositif baptisé « TELEPAC », le mouvement d’e-administration se développe et s’amplifie au ministère avec l’ouverture d’ un « portail usagers » facilitant l’accès des usagers à tous les services du ministère.