Une expérimentation a été menée de décembre à juin pour tester et préciser le dispositif dans cinq départements (Ille-et-Vilaine, Oise, Meuse, Rhône et Tarn) choisis pour illustrer la variété des productions et des types d'exploitations.

L'expérimentation, menée avec l'APCA et Coop de France, avait pour objet de vérifier, sur le terrain et dans des contextes variés, la pertinence du référentiel, la manière dont ces exigences s'intègrent dans le fonctionnement de l'exploitation ainsi que leur compatibilité avec les autres démarches existantes. Elle devait aussi aider à préciser les modalités de mise en oeuvre de la certification de troisième niveau en vérifiant la pertinence, les modalités et le temps de calcul des indicateurs retenus.
Cette expérimentation a été complétée par des tests menés dans des lycées agricoles. D’autres acteurs se sont portés volontaires pour tester le dispositif dans leurs propres réseaux : leurs remarques sont prises en compte dans le rapport final du COMOP.

L’expérimentation a permis d’améliorer le projet de référentiel et de grille d’audit pour le niveau 2 de la certification. Elle a également permis de préciser et d’enrichir les indicateurs testés. Le COMOP a ainsi été conduit à proposer que le niveau 3 offre aux exploitants le choix entre plusieurs options alternatives reflétant un niveau d’exigence équivalent.