Premier niveau :
Il correspond au respect des exigences environnementales de la conditionnalité. Ce dispositif prévoit que le versement de certaines aides communautaires à l'exploitant est soumis au respect d'exigences en matière d'environnement, de bonnes conditions agricoles et environnementales (BCAE) de santé publique, santé des animaux et des végétaux et de protection animale. À cette exigence initiale, s'ajoute la nécessité pour l'exploitant de réaliser un auto diagnostic, pouvant également être un diagnostic accompagné par une structure extérieure.
Deuxième niveau :
Il s'appuie sur des obligations de moyens correspondant à des exigences figurant dans un référentiel (cahier des charges) et s'articule avec les démarches existantes qu'elles soient sectorielles (charte des bonnes pratiques,...), horizontales (agriculture raisonnée,...), territoriales ou liées à la certification de produits.
Les démarches existantes peuvent être validées à ce niveau si elles comportent des exigences permettant de respecter le référentiel et si leur dispositif de certification en respecte les principes. Une exploitation peut également être certifiée de niveau 2 sans être engagée dans une autre démarche.
Troisième niveau :
Qualifié de "haute valeur environnementale", il s'appuie sur des niveaux d'indicateurs à atteindre permettant de mesurer les performances environnementales des exploitations pour les thématiques retenues.