Reconnaissance de l’expertise 
Depuis le 1er janvier 2016, le dispositif de reconnaissance de l’expertise à destination des agents du ministère est opérationnel. Il s’agit notamment de qualifier les experts aptes à occuper les postes à fort contenu scientifique ou technique.

La circulaire d'orientation sur les parcours professionnels de juin 2014 instaure le principe d’un dispositif de reconnaissance de l’expertise détenue par les agents du ministère de l'Agriculture et de l'Alimentation dans les domaines spécifiques au ministère .

Il s’agit non seulement de qualifier les experts aptes à occuper les postes du ministère à fort contenu scientifique ou technique, mais aussi de permettre à ces agents – lorsqu’ils ont développé leur expertise – de dérouler des parcours professionnels qualifiants au même titre que ceux qui s’orientent vers des parcours à forte composante d’encadrement et de pilotage ou vers la recherche.

En 2016, ce dispositif a qualifié 26 agents (A+, A et B), reconnus ainsi aptes à occuper des postes à fort contenu scientifique ou technique.

Ce dispositif se fonde sur deux niveaux d'instances :

Le dispositif du ministère de l'Agriculture et de l'Alimentation est complémentaire de celui mis en place par le Ministère de la transition écologique et solidaire  : la qualification des compétences dans les domaines d’expertise couverts par chacun des deux ministères est ouverte à leurs agents en fonction du domaine d’expertise revendiqué. Tous les agents appartenant à un corps du ministère de l'Agriculture et de l'Alimentation (sans distinction de catégorie ni de corps) et /ou rémunérés par lui, les agents de ses opérateurs publics, ceux du ministère de la Transition écologique et solidaire (catégories A et B) sont éligibles, mais seuls les agents exerçant depuis au moins 5 ans dans un même domaine et répondant aux critères du référentiel sont invités à candidater au titre du dispositif par la voie hiérarchique.

Au terme de la procédure, sur proposition du collège examinateur et sur avis conforme de la secrétaire générale, l’agent peut être qualifié en tant qu’expert international, expert ou spécialiste pour une durée de 4 ans. Une décision de qualification, comportant également des conseils permettant de valoriser et d’accroître ses compétences et de construire son parcours professionnel dans le cadre des orientations définies par la COSE, lui est alors adressée. Cette reconnaissance lui permettra de figurer au répertoire des spécialistes et experts du ministère de l'Agriculture et de l'Alimentation et d’être suivi dans la construction de son parcours professionnel.