Le point sur les foyers de Xylella fastidiosa en France
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​Comment se transmet Xylella fastidiosa ? Quels sont les symptômes ? Quels contrôles sont réalisés en France ? Tout comprendre sur cette bactérie qui concerne un grand nombre d’espèces végétales dans le monde.

→ En bref

La situation en France

La présence de la bactérie a été détectée le 22 juillet 2015 sur des plants de Polygale à feuilles de myrte (Polygala myrtifolia) dans une zone commerciale de la commune de Propriano, en Corse du Sud.
Au 9 mai 2016, 249 foyers ont été identifiés en Corse. En savoir plus sur le site de la DRAAF Corse.

Le 12 octobre, la présence de Xylella fastidiosa a été détectée sur des polygales à feuilles de myrte (Polygala myrtifolia) plantés sur un alignement d'un terre plein central de la ville de Nice. Les résultats d’analyses complémentaires ont confirmé la présence de la bactérie Xylella fastidiosa sous-espèce multiplex. Au 9 mai 2016, 13 foyers ont été identifiés en PACA. En savoir plus sur le site de la DRAAF PACA.

Au total, au 9 mai 2016, 262 foyers ont été identifiés en Corse et en PACA.

Qu'est-ce que Xylella fastidiosa ?

Cette bactérie transmise et dispersée par des insectes s’attaque à différentes espèces végétales (vigne, agrumes, Prunus, café, avocat, luzerne, laurier rose, chêne, érable, etc). Elle conduit, pour certaines de ses sous-espèces, à des dépérissements massifs de certaines espèces d’intérêt économique (agrumes, vigne, oliviers).

Cette bactérie s’installe dans le xylème des végétaux et empêche le mouvement de la sève brute ; les premiers symptômes sont ainsi proches des flétrissements.

Il existe plusieurs sous-espèces et souches de Xylella fastidiosa, chacune ayant un spectre d'hôtes qui lui est propre. La sous-espèce, Xylella fastidiosa pauca présente en Italie est différente de celle détectée en Corse et PACA qui est Xylella fastidiosa multiplex. A ce jour, aucun symptôme ni aucune présence des souches italiennes ou françaises n'ont été constatés sur vigne .

Cependant la probabilité de recombinaison est forte entre les différentes sous-espèces : l’Autorité européenne de sécurité des aliments (AESA) (avis du 6/01/15) recommande de prendre des mesures contre l’introduction de Xylella fastidiosa, toutes sous-espèces confondues. Au niveau européen, ces mesures figurent dans la décision d'exécution 2015/789 de la Commission du 18 mai 2015 modifiée relative aux mesures visant à éviter l'introduction et la propagation dans l'Union de Xylella fastidiosa.

Quels végétaux sont concernés ?

Selon la sous-espèce et la souche de la bactérie, les plantes hôtes varient. Les végétaux concernés peuvent notamment être : café, vigne, prunus, agrumes, avocat, luzerne, laurier rose, lavande, chêne, érable, etc. Au total, ce sont plus de 300 espèces qui peuvent être touchées par les souches de X. fastidiosa.

Cette bactérie n’est transmissible ni aux hommes ni aux animaux.

Quels contrôles sont réalisés sur le territoire national ?

Pour les lieux d’introduction dans l'Union européenne (points d'entrée communautaires ou PEC) :

  • contrôles documentaires systématiques des certificats phytosanitaires

  • contrôles phytosanitaires (inspections visuelles, prélèvements d'échantillons pour analyse) les végétaux suspects sont consignés jusqu’au résultat d’analyse. En cas de résultat défavorable, ils sont détruits par incinération ou refoulés.

Pour la circulation intra-UE :

  • contrôles renforcés chez les revendeurs (grossistes et détaillants).

  • surveillance et vigilance renforcée, en particulier pour les filières à risque (ornementales, arboriculture, viticulture)

Quel plan d'action national ?

La France a mis en place dès septembre 2014 un plan d’action national contre Xylella fastidiosa. Ce plan a été renforcé en 2015. Ses objectifs sont les suivants :

  • Prévenir l’entrée du pathogène et le détecter au plus vite le cas échéant par des contrôles renforcés à l’importation, des enquêtes de filière, un plan de surveillance renforcé.

  • Se préparer à gérer de nouveaux foyers en s’appuyant sur la réglementation adéquate, le plan d'urgence national et la mobilisation des acteurs

  • Éradiquer les foyers détectés par la poursuite de la mise en œuvre des mesures de lutte

  • Améliorer la connaissance de Xylella fastidiosa et de ses vecteurs en promouvant la recherche

Télécharger : le plan d'action national

Focus sur les connaissances actuelles sur Xylella fastidiosa

Quelle différence entre végétaux sensibles, hôtes et spécifiés ?

La décision européenne citée plus haut ne parle pas de végétaux sensibles, mais de végétaux hôtes ou de végétaux spécifiés.

Les végétaux spécifiés correspondent à tous les végétaux dont il a jusqu’à présent été constaté dans le monde qu’ils sont sensibles à Xylella fastidiosa, quelle que soit la sous-espèce ou la souche concernée.

Les végétaux hôtes sont les végétaux connus comme sensibles à une sous-espèce précise sur le territoire européen.

En date du 19 février 2016, la liste des plantes hôtes à Xylella fastidiosa, sous-espèce multiplex, s'élève à 21 espèces végétales. Ce sont :

Acer pseudoplatanus L., Artemisia arborescens L.,Asparagus acutifolius L.,Cistus monspeliensis L.,Cistus salviifolius L.,Coronilla valentina L., Genista x spachiana (syn. Cytisus racemosus Broom), Genista ephedroides DC., Hebe, Lavandula angustifolia Mill., Lavandula dentata L., Lavandula stoechas L., Metrosideros excelsa Sol., Myrtus communis L., Pelargonium graveolens L'Hér, Polygala myrtifolia L., Prunus cerasifera Ehrh., Quercus suber L., Rosa x floribunda, Rosmarinus officinalis L., Spartium junceum L.

Quelles sont les maladies qui surviennent sur les végétaux ?

Ce pathogène est connu comme l'agent de la maladie de Pierce qui a fortement touché les vignobles californiens à la fin du XIX siècle. Il est également responsable de la chlorose variégée des Citrus au Brésil à la fin des années 1980.

Quels sont les pays touchés ?

Cette bactérie est présente dans de nombreux pays-tiers (ou régions de pays-tiers), essentiellement sur le continent américain : Mexique, USA (principalement Alabama, Floride, Georgie, Mississipi, Texas, etc), Canada (Ontario), Costa Rica, Argentine, Brésil (notamment Bahia, Minas Gerais, Sao Paulo, Rio de Janeiro, etc), Paraguay, Venezuela, etc.… Elle est également présente en Iran où elle a été détectée sur vigne, amandier et pistachier. En Asie, la bactérie est présente sur l’île de Taïwan.

Elle était absente de l’Union européenne jusqu’à sa détection en Italie en octobre 2013. Elle est désormais présente dans la région des Pouilles (extrême sud de l’Italie) et en Corse (détection du 22 juillet 2015) et en région PACA (le 13 octobre 2015) .

Comment a-t-on détecté la maladie en Italie ?

En octobre 2013, 2 foyers ont été détectés dans la région de Lecce (Pouilles) et déclarés par les autorités italiennes. La bactérie a provoqué des dessèchements sur feuilles et des symptômes de déclin rapide sur un très grand nombre d'oliviers, mais aussi sur des lauriers roses, amandiers et chênes.

Comment se propage la maladie ?

La multiplication, l’exportation et la plantation de plants contaminés représentent un risque important de dissémination.

La contamination des plantes et la dispersion d'un végétal à l'autre de la maladie se font principalement via des insectes vecteurs piqueurs-suceurs se nourrissant de la sève brute du xylème. Il s’agit principalement des cicadelles (Cicadellidae) et des cercopes (Cercopidae), et dans une moindre mesure des cigales (Cicadidae). En fait, tout insecte piqueur-suceur se nourrissant de sève brute (xylème) est à considérer comme potentiellement vecteur de cette bactérie.

Les outils de taille ou autres outils provoquant des blessures sont également à l’origine de la dispersion de la maladie de plante à plante, bien que ce mode de transmission n’ait pas été décrit comme très efficace.

Les blessures du système racinaire peuvent être à l’origine de phénomène d’autogreffes (« ponts racinaires ») et engendrer la transmission de la bactérie de plante à plante.

Quelle est la vitesse de dissémination entre végétaux de Xylella ?

La vitesse de dissémination entre végétaux de la bactérie dépend notamment de la capacité de la souche à coloniser un végétal, et de la présence de vecteurs ayant la capacité de diffuser la bactérie à d’autres végétaux. Au Brésil une meilleure transmission de la bactérie Xylella est observée à hautes températures et en conditions sèches. Dans ces conditions, le développement de maladies causées par X. fastidiosa a été exponentiel : c’est le cas de la chlorose variégée des Citrus sur agrumes au Brésil, alors que dans le cas de la maladie de Pierce aux USA les conditions climatiques et environnementales (vecteurs) n’ont entraîné qu’un développement linéaire.

Quels moyens pour lutter contre la bactérie ? / Comment lutte-t-on contre l'insecte vecteur ?

Après détection, il n’existe pas de moyen de lutte curative contre cette bactérie phytopathogène, hormis l’arrachage, la destruction des plantes contaminées et la lutte contre les insectes vecteurs (traitements insecticides des plantes hôtes situées dans les foyers).

La maladie est-elle facilement détectable ?

Différents types de symptômes peuvent être observés :

  • Les brûlures foliaires (laurier rose) et dans les stades plus avancés, le dessèchement des rameaux (répartition aléatoire dans le houppier des arbres), suivi de la mort du sujet dans les cas les plus graves (olivier, amandier, chêne, orme, platane sycomore, …) ;

  • Les chloroses foliaires (sur caféier, oranger) : sur oranger, l’infection entraîne également la production de fruits de petite taille ;

  • Les défauts de lignification (aoûtement) et la persistance des pétioles après la chute des feuilles pour la vigne ;

  • Le nanisme sur luzerne, accompagné d’une coloration bleue-verte des feuilles ;

  • Le port tombant et la réduction des entre-nœuds chez le pêcher ;

  • Chez la vigne sont également observés des jaunissements et des rougissements des feuilles.

Confusions possibles : les brûlures foliaires peuvent aisément être confondues avec des symptômes dus aux stress hydriques ou à la sénescence naturelle des feuilles.

Les chloroses du limbe peuvent être difficiles à distinguer de symptômes similaires provoqués par certaines carences nutritionnelles en oligo-éléments.

Comment peut-on confirmer la contamination ?

La contamination ou l’absence de contamination peuvent être confirmées par analyse : La méthode d’analyse fait appel à des techniques de biologie moléculaire portant sur l'ADN de la bactérie. Elle demande deux jours de traitement entre la réception de l'échantillon et le rapport d’analyse.

Les analyses de détection de la bactérie Xylella fastidiosa étaient réalisées jusqu'à fin octobre 2015 uniquement par le laboratoire national de référence : le Laboratoire de santé des végétaux (LSV) de l’Anses à Angers. Afin de renforcer les capacités d'analyses nécessaires suite à la découverte de nouveaux foyers en France, un réseau de cinq laboratoires agréés pour la réalisation d’analyses officielles de première intention pour la recherche de Xylella fastidiosa a été mis en place. Tous les prélèvements qui s'avèrent positifs à Xylella fastidiosa lors d'analyses de première intention doivent être confirmé par le LSV.

Depuis le 1er janvier 2015, plus de 6000 prélèvements ont été effectués sur des végétaux et analysés par le laboratoire national de référence de l’Anses.

Quel est l'avis de l'Autorité européenne de sécurité sanitaire des aliments ?

L’avis de l’EFSA a été publié le 6 janvier 2015. Ses principales conclusions sont les suivantes :

  • Xylella fastidiosa représente un risque majeur pour le territoire de l’Union européenne: il s'agit d'une bactérie très polyphage, les plantes hôtes et les vecteurs sont présents sur tout le territoire, et les pertes pour les Citrus en Amérique du Sud et les vignes en Amérique du Nord ont été très sévères.

  • Il est recommandé de raisonner les mesures à l’échelle de l’espèce plutôt qu’à celle des sous-espèces ou des souches . Par ailleurs, en Italie, les oliviers symptomatiques sont généralement touchés par un complexe de ravageurs dont Xylella fastidiosa mais également des champignons pathogènes.

  • Tous les insectes piqueurs-suceurs de xylème en Europe sont des vecteurs potentiels.

  • Les deux principaux risques d’introduction dans des zones non touchées sont portés par les végétaux destinés à la plantation ou la présence d’insectes infectieux dans les envois de matériel végétal.

Comment protéger l'Union européenne sur le long terme ?

Les articles 16, 17 et 18 du règlement susvisé 2015/789 prévoient des conditions strictes concernant les introductions. Celles-ci se traduisent par des interdictions de l'introduction de végétaux du genre Coffea originaire du Costa Rica ou du Honduras et le renforcement des inspections de végétaux spécifiés originaires de pays tiers où la contamination à Xylella fastidiosa est avérée ou suspectée.

De plus, lors des négociations au Parlement européen et au Conseil sur le projet de règlement relatif aux mesures de protection contre les organismes nuisibles aux végétaux, la France a pris une part très active dans la promotion d'une stratégie préventive visant à limiter au maximum les introductions d'organismes nuisibles en provenance de pays tiers.

Le texte fixe le principe d'une stratégie préventive pour les végétaux et produits végétaux à haut risque, dont l'importation sera interdite tant qu'une évaluation du risque phytosanitaire n'aura pas été réalisée. Tous les végétaux et produits végétaux autorisés à l'importation devront en outre désormais être accompagnés par un certificat phytosanitaire, sauf si leur innocuité a été prouvée, ce qui permettra d'améliorer les contrôles à l'importation, d'identifier plus rapidement les nouveaux risques et de renforcer immédiatement la réglementation.

Focus sur la situation corse

A la date du 19 février 2016, plus de 5000 prélèvements ont été réalisés en Corse et analysés dans le cadre de la gestion des foyers, parmi lesquels 526 se sont révélés positifs à la sous-espèce multiplex de la bactérie, dont 434 échantillons de polygales à feuilles de myrte (Polygala myrtifolia).

A ce jour, tous les plants d'oliviers testés se sont révélés négatifs à Xylella fastidiosa.

Pour chacun des cas positifs, la sous-espèce a été identifiée comme étant multiplex. Des recherches plus fines conduites par le laboratoire national de référence continuent afin de caractériser la souche.

Le rapport rendu le 19/10/2015 rend compte du travail réalisé par l'INRA et l'ANSES sur l’analyse des séquences génomiques de souches de Xylella fastidiosa subsp. multiplex isolées en Corse (par la technologie "Illumina MiSeq"). Trois souches isolées en Corse ont ainsi fait l'objet d'un séquençage génomique complet.

- Deux de ces souches (dénommées LSV4678 et LSV4679), isolées de Spartium junceum (faux genêt d'Espagne) correspondent en fait à une seule et même souche. Celle-ci est très proche de la souche nord-américaine Dixon sur la base d'une comparaison des génomes et protéomes complets. Cela confirme les résultats préalablement obtenus suite à l'analyse des 7 gènes de ménage. Un plasmide semble cependant être présent chez Dixon, mais absent de cette souche corse.
- La troisième souche (dénommée LSV4677), isolée sur Polygala myrtifolia, est proche des souches nord-américaines Dixon, Griffin-1 et M12. Néanmoins la ressemblance n’est pas totale.
Par ailleurs, vu la diversité allélique de ces souches corses étudiées, il peut être conclu qu'il y a eu au moins deux événements d’introduction de souches de Xylella fastidiosa subsp. multiplex en Corse.
Une étude plus approfondie des génomes (séquençage génomique complet avec une autre technologie: "PacBio") sera nécessaire afin de vérifier si les différences de contenu plasmidique observées entre souches sont réelles et identifier précisément les gènes sur lesquels portent les différences avec ces trois souches nord-américaines.

Un travail de séquençage génomique sera rapidement engagé sur d'autres souches isolées en Corse et en région PACA.

Quelles mesures ont été prises en Corse ?

Autour des deux premiers foyers, des mesures de délimitation des zones infectées et d’arrachage de tous les végétaux spécifiés dans un rayon de 100 mètres ont été mises en œuvre immédiatement. Ces mesures ont été accompagnées d'actions de désinsectisation.

Un arrêté national a été pris en date du 23 décembre 2015. Il reprend les dispositions de la décision européenne 2015/789 modifiée susvisée et confie aux préfets de région la responsabilité du traçage de la zone délimitée.

La destruction des végétaux dans la zone infectée concerne les végétaux hôtes, les végétaux infectés et ceux présentant des symptômes douteux. Les enquêtes épidémiologiques conduites sur chacun des foyers ont visé à établir la traçabilité amont des plants contaminés et à réaliser des prélèvements autour de chacun des plants infectés.

De plus, pour lutter efficacement contre l’extension de la maladie des mesures complémentaires ont été adoptées  :

- interdiction de plantation, multiplication et distribution à titre onéreux ou gratuit de polygales à feuilles de myrte en Corse pour une durée d’un an, renouvelable jusqu’à ce que la sécurité sanitaire de ces végétaux puisse être garantie;

- recensement de l’ensemble des polygales à feuilles de myrte présents en Corse et encadrement de la destruction ciblée de ceux présentant des symptômes évocateurs de la maladie.

Cette opération doit se faire en suivant rigoureusement le protocole établi, afin de minimiser le risque de dissémination accidentelle de la bactérie.

Connaît-on l’origine des foyers corses ?

Des enquêtes ont été conduites afin de déterminer l'origine initiale des contaminations détectées en Corse. La remontée des filières d'approvisionnement des lots de végétaux qui se sont révélés positifs n'a néanmoins pas permis, à ce jour, de clarifier l'origine de la (ou des) source de contamination.

Le Ministre de l’agriculture, de l’agroalimentaire et de la forêt a diligenté, le 29 juillet 2015, une mission d’expertise afin de formuler des recommandations sur le dispositif régional et national à mettre en place pour prévenir la dissémination, détecter et lutter contre la bactérie Xylella fastidiosa ainsi que sur les besoins de développement de connaissances scientifiques. Cette mission a été pilotée par un expert national de la Direction générale de l’alimentation, accompagné de quatre experts entomologistes et bactériologistes de l’Institut National de Recherche Agronomique (INRA) et de l’Agence nationale de sécurité (Anses). Télécharger le rapport.

Quels traitements phytosanitaires pour la désinsectisation ?

Avant l’enlèvement des végétaux, la réglementation prévoit d’appliquer les traitements phytosanitaires appropriés contre les insectes vecteurs de la bactérie aux végétaux susceptibles d’héberger ces vecteurs.

Les objectifs de ces traitements sont les suivants :

  • Éviter, lors de l’arrachage, la dispersion des insectes vecteurs présents sur les végétaux infectés ou les végétaux hôtes qui seront arrachés.

  • Éliminer autant que faire se peut les vecteurs infectés présents autour de la plante infestée.

Quelles précautions d’usage sont prises ?

L’application de ces produits doit se faire dans le strict respect de leurs conditions d’application (zones non traitées, le cas échéant : délais avant récolte, …). Lors de cette application, les applicateurs portent les équipements de protection individuels appropriés .

La période préconisée pour les traitements est le soir, afin d’éviter les heures chaudes pour limiter l’impact sur les abeilles et l’évaporation.

Des traitements autorisés en agriculture biologique sont possibles. Il existe également des produits autorisés pour l'application par les particuliers eux-mêmes.

Ces traitements sont-ils nécessaires ? L’arrachage des végétaux infectés ne suffit-il pas ?
Le seul arrachage ne suffit pas car il est prouvé qu’il ne garantit pas que des insectes vecteurs de la bactérie présents sur la plante ne se dispersent pas et ne contaminent pas d’autres végétaux.

Pour plus d'informations, consultez : actualités sur le site de la Préfecture de Corse du sud (www.corse-du-sud.gouv.fr)

Focus sur la situation en PACA

Le 13 octobre 2015, la présence de Xylella fastidiosa a été vérifiée sur des polygales à feuilles de myrte (Polygala myrtifolia) plantés sur un alignement d'un terre plein central de la ville de Nice.

Depuis la détection du premier foyer, 13 autres foyers ont été enregistrés le 9 mai en région PACA, dans les départements du Var et des Alpes-Maritimes.

Les mesures appliquées sont celles prévues par la décision européenne 2015/789 susvisée.