Le ministère de l’Agriculture, de l’Alimentation, de la Pêche, de la Ruralité et de l’Aménagement du territoire finance chaque année une sélection d’études à caractères économique, financier et social, concernant l’évolution de l’alimentation, de l’agriculture, de la pêche, de la forêt, du milieu rural ainsi que des industries agricoles et alimentaires. Cette sélection fait l’objet d’un programme annuel d’études, qui concerne l’ensemble des services du ministère, après avoir été validé par le comité de programmation des études (CPE). Le Centre d’études et de prospective assure la programmation des études, le suivi des crédits et le secrétariat du CPE. Un appel à projets est lancé chaque année à destination de l’administration centrale et des services déconcentrés. Il détaille les thèmes prioritaires afin de susciter des propositions d’études. Le Comité de programmation des études, présidé par le directeur du cabinet ou son représentant, arrête en fin d’année la liste des études retenues, sur la base d’une évaluation conjointe des propositions par la CEP et le CGAAER. Les délégués aux études des directions participent à cette réunion.

Depuis 2009, la refonte de la gestion du programme d’études ministériel se poursuit afin de renforcer la dimension prospective et stratégique des études réalisées et de porter une plus grande attention à leur valorisation. Dans un souci de simplification et d’efficacité, les lignes budgétaires études et évaluation ont été fusionnées en 2010 et font désormais l’objet d’une programmation commune.